クリフ・アイゼン校訂によるモーツァルトの交響曲、「プラハ」、「ジュピター」などに続いて第39番が登場しました。この作品の自筆スコアは1945年以降、長らく所在不明の時期があり、新全集の校訂作業では自筆譜のフォトコピーが資料として使用されました。このアイゼン版は第２次大戦後では初めて、自筆スコア（クラクフ、ヤギェウォ図書館蔵）の現物を検証した校訂版です。スコア巻末には校訂報告（英文）が掲載されています。対応するパート譜も発売されています。